随着现代科学技术的发展，专家也对性功能障碍这种疾病进行了深入研究，发现了一些性功能障碍患者治疗的不彻底是因为潜意识的影响，这种不良的潜意识往往与早年的经历有关。
调查发现，一位原发性性冷淡患者，幼时父母不和，经常吵吵闹闹，但是他们却连续生育了11个孩子。患者认为他的父母“简直像猪，过着没有感情的夫妻性生活”。从此，他一直在默默地压抑着父母遗传给他的“动物般的性欲”，对夫妻性生活一点兴趣也没有。
潜意识是个体不能知觉的精神生活，它由人的体能欲望和冲动所组成，具有强烈的心理能量储荷。这种储荷总是力图渗透到意识中去，造成意识的兴奋、紧张。人的渴求和控制欲望要求之间的矛盾冲突常常会引起一种弥漫性的恐惧感， 即心理学上的“焦虑”。焦虑可使人产生许多种心理防御机制，其中最重要的 防御机制是压抑，它会使心理矛盾冲突几乎完全隐蔽起来，不让我们意识到它的存在。
心理防御机制变得突出时，可以主宰一个人的人格及其发展，损害生理机能。这些心理矛盾的性质与强度取决于儿童期的教养情况和父母的态度。解决潜意识阻抗的方法是把压抑的情绪识别出来，引导到意识领域中去， 从而达到消除压抑的目的。
因此，性功能障碍患者久治不愈的原因很有可能是受到不良的潜意识影响，这类患者应应该接受心理治疗，及早恢复病情。