目前性功能障碍的治疗方法很多，很多患者都能获得较好的疗效。在心理治疗或咨询过程中，医生应该开诚布公地谈论性问题，以适当的方式询问，使用病人可接受的语言(避免使用难懂的术语或粗俗的语言)，更多地了解病人的个人历史，早期的性经历，性知识的掌握，过去和现在的性行为，夫妻关系等。
要根据患者的具体情况进行相应的性教育，纠正不正确的观念和态度。患者应了解性功能障碍，帮助患者分析症状产生的原因和条件，进而找到解决问题的方法。特殊的心理疗法可以是行为疗法(或认知行为疗法)、分析性心理疗法和催眠疗法。通常采取个体化治疗和配对(夫妻)治疗相结合的方式。
行为疗法是当今治疗性功能障碍的主要方法(由马斯特斯和约翰逊、歌手卡普兰、阿伦斯特维茨和施密特倡导)。这种方法主要以指导和实践(性技术的学习和培训)为基础，需要夫妻或伴侣的共同合作。在治疗过程中，首先要详细了解病史，分析患者的行为，然后逐步进行分级培训(具体流程及细节见相关参考资料)。在行为治疗的同时，心理动力学方法也可以用来处理患者的心理冲突。
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