在临床上，性功能障碍的合理治疗是保证性功能障碍患者及时摆脱疾病的关键，性功能障碍的治疗方法有很多，常见的方法主要是心理治疗。
合理的治疗性功能障碍，要准确识别心理、器质、功能等致病原因，制定个性化、疗程短、见效快的治疗方案。综合患者身体的等多种情况进行治疗，需要考虑以下几点？
安全、有效、简单、经济，在选择合理治疗性功能障碍的治疗方法时，应考虑个人、文化、伦理、宗教和经济承受能力。治疗的第一步是让患者及其配偶了解合理治疗性功能障碍和检查结果，确定患者及其配偶的需求和喜好，重点了解是否存在与合理治疗性功能障碍相关的器质性病因和心理因素。
此外，在开始治疗之前，还应考虑配偶的性功能。有条件的患者应尽可能告知患者及其配偶适合自己的所有治疗方法及其优缺点和费用，让患者及其配偶积极参与治疗方法的选择。本规范采用分级治疗，分级原则依据：是否方便，是否可逆，创伤，费用等。所有治疗方法都应长期随访，以确定其有效性和安全性。此外，新的治疗方法出现后，应比较其在有效性、安全性和价格比方面与现有治疗方法的差异。
最后专家指出，在男性疾病中，性功能障碍是一种常见的疾病，对于男性性功能障碍疾病的诊断和治疗中，了解性功能的检查方法是帮助患者确定病因和病情的关键，因为性功能障碍的病因比较复杂，所以在治疗前一定要详细了解患者的病史，才能制定出最佳的治疗方法。